12 évvel ezelőtt egy hatalmas rókadémon pusztította az egyik legnagyobb ninja falut, Konohát. Sok ember vesztette életét a harcban, de a falu legerősebb emberének, a Negyedik hokagénak sikerült megállítania a démont. Egy tiltott technikát használt, amivel a démont bezárta egy kisgyerekbe. Ezt a gyereket Narutonak hívták. Naruto szülők nélkül nőtt fel, és a falubeliek utálták, mert a pusztító démont látták benne. A Negyedik hokage célja az volt, hogy ezek után Narutora hősként nézzenek, de mégsem ez történt.
Naruto magányosan élte le gyerekkorát, úgy érezte, hogy nem tartozik sehova. Az volt az álma, hogy majd ő lesz a legerősebb ninja a faluban. Azt akarta, hogy elismerjék, észrevegyék, éppen emiatt különböző rossz dolgokat cselekedett. Ezt az emberek rossz szemmel nézték és mégjobban utálták. Az Akadémián se volt egy kitűnő tanuló, amiből ismét nehézségek adódtak. Háromszor elbukott a vizsgán, mert a képességei nem voltak megfelelőek.Itt kezdődik el a történet. Mizuki, az egyik vizsgáztató azt mondja Narutonak, hogy másképp is le lehet vizsgázni, csak annyit kell tennie, hogy ellopja a tiltott technikák tekercsét. Naruto ezt meg is teszi, és elkezdi tanulni a tiltott technikákat. Tanára, Iruka-sensei rajtakapja, mire a fiú elmeséli, hogy Mizuki mondta neki, hogy hozza ide a tekercset. Mizuki ekkor megjelenik, és elmeséli, hogy 12 éve született egy törvény, miszerint senki sem árulhatja el Narutonak, hogy ő maga a rókadémon. Naruto teljesen kiakad, és míg tehetetlenül áll, Mizuki megtámadja őt és Irukát. Iruka kap egy hatalmas shurikent a hátába, és elmondja, hogy ő mindig is elismerte Narutot, és egyszer egy tökéletes ninja lesz belőle. Narutot ez meghatja, mert ő az első ember, aki elismerte őt. A fiú ezek után besegít Irukának, hogy Mizukit elkapják. Használja az egyik tiltott technikát, ami nem más, mint az Árnyék Klón Technika (Kage bunshin no jutsu). Mizuki kikap, és miután Iruka látta, hogy Naruto mire képes, elhatározza, hogy átengedi a vizsgán, és megkapja Iruka homlokvédőjét, ami szimbolizálja azt, hogy ninja lett. A történetben ezek után megjelenik Naruto másik két csapattársa, Sakura és Sasuke. Sasuke lesz Naruto riválisa, aki igazándiból egy tehetséggel, ügyességgel megáldott gyerek, viszont senkit se tekint a barátjának, és nagyon hideg mindenkivel. Sakura Naruto nagy szerelme, aki viszont Naruto szerelmi kisugárzásait egy öklössel viszonozza, és elvakultan szerelmes Sasuke-ba. Tanáruk szintén egy szokatlan alak lesz, Kakashi-sensei, aki fehér hajával, bal szemére csúsztatott homlokvédőjével, és maszkjával igen felejthetetlen képet hagy az emberek fejében. Kakashi a csapatmunkára törekszik Narutoéknál, ami kisebb-nagyobb sikerrel időnként működik is.
A csapat ezek után küldetéseket hajt végre, ahol bizonyítaniuk kell, hogy milyen fából faragták őket. A küldetések alatt a csapat összeszokik, fejlődik, beleértve Narutot is, akinek a továbbiakban is az a célja, hogy a falu legerősebb embere (Hokage) legyen.
A későbbiekben további karakterek is megjelennek, akik más csapatban vannak, vagy más faluból jöttek. Riválisok, társak, barátok, szerelmek, ellenségek, speciális képességű emberek és még sok más megjelenik a történetben.